Browsing by Subject "Biyomühendislik = Bioengineering"
Now showing items 1-5 of 5
-
Central tunnel as an alternative allosteric site in glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase for potential use as species specific drug targets /
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2020)İlaç keşif çalışmalarında en yeni yaklaşımlardan biri proteindeki potansiyel allosterik bölgeler için ilaç tasarımıdır. Bu bölgeler enzimlerin aktif bölgelerini doğrudan hedefleyen inhibitörler yerine aktif bölge üzerine uzaktan bir etki yapabilen inhibitörlerin tasarımına dayanır. Bu yaklaşımın arkasındaki ana sebep, aktif bölgenin, seçici inhibitörlerin tasarımını önleyen enzimin diğer kısımlarından evrimsel olarak daha fazla korunmuş olmasıdır. Bu çalışmada, glikolitik yolakta işlev gören ...
-
Designing of selective and potent inhibitors against histone deacetylase enzymes (HDAC6 VE HDAC10) via in silico screening and molecular modeling techniques for the treatment of cancer / Kanser tedavisi için siliko tarama ve moleküler modelleme teknikleri ile histon deacetilaz enzimlerine (HDAC6 VE HDAC10) karşı seçici ve etkili inhibitörlerin tasarlanması
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)HDAC'lar, histon proteininden asetil gruplarını kopartarak, kromatin yoğunlaşmasını indükleyerek kanser gelişimi sürecinde tümör baskılayıcı genlerin ekspresyonunu düzenlemede rol alan enzim sınıfıdır. HDAC enzimleri, ilgili maya ortologlarına karşı gelen homolojilerine göre dört sınıfa ayrılmıştır. Sınıf I, II ve IV HDAC'ler aktif bölgelerinde kofaktör olarak çinko içerirken, sınıf III HDAC'lar sirtuinler olarak bilinen kofaktör olarak da NAD+ bulunduran enzimlerdir. Yapılan çalışmalardan Sınıf ...
-
Identifying the working principles of human DNA methyltransferase 3A enzyme by computational methods / İnsan DNA metiltransferaz enziminin çalışma mekanizmasının hesaplamalı yöntemlerle belirlenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)DNA metilasyonu, metilasyon deseninin sürdürülmesi ve oluşturulmasından sorumlu epigenetik mekanizmalardan biridir. DNA metiltransferaz 3 (DNMT3) enzim ailesi DNA'nın sıfırdan metilasyonunu düzenler bu nedenle de novo metiltransferazlar olarak adlandırılır. İki üyesi, DNMT3A ve DNMT3B, DNA ve S-Adenosilmetiyonin (SAM) arasındaki reaksiyonu katalize eder. Diğer üyesi olan DNMT3L ise DNA ile doğrudan etkileşime girmese de, DNMT3A ve DNMT3B'ye bağlanarak reaksiyonu allosterik olarak hızlandırır. Ek ...
-
Investigation of allosteric inhibition effect in pyruvate kinase by constrained molecular dynamics simulation method Piruvat kinazın allosterik olarak inhibe edilmesinin kısıtlanmış moleküler dinamik similasyon methodu kullanılarak incelenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Önceki çalışmalarda, araştırma grubumuz farklı organizmalarda bulunan glikolitik enzimlerdeki türe özgü allosterik bölgeleri tanımladı ve bu bölgelerdeki kalıntılarla güçlü bir şekilde etkileşime giren aday inhibitör molekülleri belirledi. Bu çalışmada ise, glikolitik enzimlerden biri olan bakteriyel piruvat kinaz enzimi (S.aureus PK) üzerinde bir Moleküler Dinamik simülasyon çalışması gerçekleştirildi ve önerilen allosterik bölgede seçilen kalıntı çiftleri arasındaki bağlar kısıtlanarak bir ilaç ...
-
Investigation of species-specific allosteric binding sites in glycolytic enzymes via AlloSigMA and molecular dynamics simulations / Glikolitik enzimlerde türe özgü allosterik bağlanma bölgelerinin AlloSigMA aracı ve moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Araştırma grubumuzun önceki çalışmalarında, türe özgü ilaç tasarım çalışmalarında hedef ilaç bölgesi olarak kullanılması amacıyla bakteri, parazit ve insan türlerine ait glikolitik yolaktaki temel enzimler olan fosfofruktokinaz (PFK), gliseraldehit 3-fosfat dehidrogenaz (GADPH) ve pürivat kinaz (PK) enzimleri için allosterik bölgeler önerilmiştir. Bu tezde, AlloSigMA aracı ve MD simülasyonları gibi çeşitli araçlarla daha detaylı araştırıldılar. Önerilen allosterik bölgelere ek olarak, S. aureus ...
