Browsing by Author "Erdoğan, Nuray Söğünmez"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Doctoral Thesis
    Identification of Distinct Communication Networks in Human ?2 Adrenergic Receptor Via Molecular Dynamics Simulation
    (Kadir Has Üniversitesi, 2020) Erdoğan, Nuray Söğünmez
    G-protein-bağlı reseptörler (GPCR), hücre dışı ligand bağlanma işlemini hücre içi tepkilere dönüştürerek çok çeşitli insan fizyolojik fonksiyonlarına aracılık eden ve yedi transmembran (TM) yapısından oluşan proteinlerdir. Karşılıklı sinyal aktarımı, ancak iki uzak bölge arasında allosterik iletişimle oluşur. Hem inaktif hem de aktif kristal yapıların mevcut olduğu bir arketipik GPCR olan insan β2-adrenerjik reseptörüne (β2AR) odaklandık. β2AR 'ın farklı konformasyonlarının yörüngelerini oluşturmak için moleküler dinamik (MD) simülasyonları gerçekleştirildi. Burada, β2AR'a ait orijinal inaktif durum (Faz I), çok inaktif durum (Faz II), ara durum ve G-proteine bağlı aktif durumun yörüngelerini kullanarak potansiyel iletişim ağlarını araştırdık. Bu nedenle, bu tezde nedenselliğe bağlı potansiyel allosterik etkileşim ve bilgi aktarımını ortaya çıkarmak için proteindeki Cα dalgalanmaları ve omurga/yan zincir dihedral açı rotasyonları üzerinde hem korelasyon hem de entropi bazlı olasılıksal yaklaşımlar kullanılmıştır. Serbest ICL3 içeren yapılarda bilgi akışı yönü hücre içinden hücre dışına doğru iken, ICL3'ün hareketinin kısıtlandığı yapılarda bu akış yönünün tam tersine olduğu görüldü. Ayrıca, esnek alanlarda lokalize olmuş amino asitler genellikle polar özelliklere sahip olup iletişime büyük katkıda bulunmuşlardır. aktif-Gp için bağımsız iki çalışma, ICL3'ün z-yönünde hareketi ile birbirinden ayrılmış ve burada G proteini etkisinden dolayı iletişim ve polarite gücünün azaldığı saptanmıştır. Son olarak, mutlak Cα dalgalanma değerleri ve sterik engeller farklı dihedral açılarının oluşmasına neden olabildiğinden, Cα dalgalanmaları ve dihedral açıların ortak hareketi gözlemlenmemiştir. Bu nedenle de dihedral verilerde çoğunlukla ilmik alanlarının ortaya çıktığı görüntülenmiştir. Bu sonuçlar β2AR 'daki allosterik iletişimi açıklamak için yapı temelli bir mekanizma sağlamakta ve dahası rasyonel ilaç tasarımı ve protein mühendisliği gibi uygulamalar için bir temel oluşturmaktadır.