Browsing by Author "Poyraz, Yağmur"

Now showing 1 - 2 of 2

G. Kaustophilius Lipazinin Mutasyon Çalışmaları Kullanılarak Substrat Seçiciliğinin ve Aktivitesinin Geliştirilmesi
(2025) Poyraz, Yağmur; Eşsiz, Şebnem
Lipazlar, yağların hidrolizini katalize eden hidrolaz sınıfı enzimlerdir. Biyoteknolojide özellikle biyodizel üretimi alanında önemli bir yeri bulunmaktadır. Bu enzimler, yağların transesterifikasyon reaksiyonunu katalize ederek bitkisel veya hayvansal yağlardan biyodizel elde etmeye yardımcı olmaktadır. Fakat, biyodizel üretiminde lipaz kullanımının bir takım sorunları bulunmaktadır. Reaksiyon verimliliğinin yetersizliği, özellikle yüksek serbest yağ asidi içeriğine sahip ham yağların transesterifikasyonunda önemli bir sorundur. Ayrıca, lipazların reaksiyon hızı açısından yeterince hızlı olmama duumu söz konusudur. Bunlara ek olarak, bu enzimler çevre koşullarına duyarlıdır; uygun sıcaklık veya pH koşulları olmaması durumu enzim aktivitesini olumsuz etkileyebilirken, kararlılık sorunlarını da beraberinde getirebilmektedir. Araştırmacılar, lipazların performansını artırmak ve süreç verimliliğini iyileştirmek için sürekli olarak yenilikçi yöntemler ve teknolojiler araştırmaktadır. Enzim mutasyonu ve lipaz immobilizasyonu, bu çabada odaklanılan önemli alanlardır. Bu çalışma, Geobacillus kaustophilus termofilik lipazının yapısal ve dinamik özellikleri hakkındaki anlayışımızı geliştirmeyi ve aktivitesini, substrat seçiciliğini ve termal kararlılığını iyileştirmek için mutasyonları kullanmayı amaçlamaktadır. İdeal mutasyonları bulmak için Gklip lipazı modellenmiş ve hem yabani tip hem de mutasyonlu yapıların ligand seçiciliğini değerlendirmek için farklı uzunlukta karbon zincirli yağ asitleri ile dok çalışmaları yürütülmüştür. Daha sonra, tüm protein-ligand kompleksleri için 50 ns moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Simülasyonların son 30 ns'si MM/GBS analizi için kullanılmıştır. 36 mutasyondan, en iyi 5 tanesi daha ileri deneysel çalışmalar için seçilmiştir.
G. Kaustophilius Lipazinin Mutasyon Çalışmaları Kullanılarak Substrat Seçiciliğinin ve Aktivitesinin Geliştirilmesi
(2025) Poyraz, Yağmur; Eşsiz, Şebnem
Lipazlar, yağların hidrolizini katalize eden hidrolaz sınıfı enzimlerdir. Biyoteknolojide özellikle biyodizel üretimi alanında önemli bir yeri bulunmaktadır. Bu enzimler, yağların transesterifikasyon reaksiyonunu katalize ederek bitkisel veya hayvansal yağlardan biyodizel elde etmeye yardımcı olmaktadır. Fakat, biyodizel üretiminde lipaz kullanımının bir takım sorunları bulunmaktadır. Reaksiyon verimliliğinin yetersizliği, özellikle yüksek serbest yağ asidi içeriğine sahip ham yağların transesterifikasyonunda önemli bir sorundur. Ayrıca, lipazların reaksiyon hızı açısından yeterince hızlı olmama duumu söz konusudur. Bunlara ek olarak, bu enzimler çevre koşullarına duyarlıdır; uygun sıcaklık veya pH koşulları olmaması durumu enzim aktivitesini olumsuz etkileyebilirken, kararlılık sorunlarını da beraberinde getirebilmektedir. Araştırmacılar, lipazların performansını artırmak ve süreç verimliliğini iyileştirmek için sürekli olarak yenilikçi yöntemler ve teknolojiler araştırmaktadır. Enzim mutasyonu ve lipaz immobilizasyonu, bu çabada odaklanılan önemli alanlardır. Bu çalışma, Geobacillus kaustophilus termofilik lipazının yapısal ve dinamik özellikleri hakkındaki anlayışımızı geliştirmeyi ve aktivitesini, substrat seçiciliğini ve termal kararlılığını iyileştirmek için mutasyonları kullanmayı amaçlamaktadır. İdeal mutasyonları bulmak için Gklip lipazı modellenmiş ve hem yabani tip hem de mutasyonlu yapıların ligand seçiciliğini değerlendirmek için farklı uzunlukta karbon zincirli yağ asitleri ile dok çalışmaları yürütülmüştür. Daha sonra, tüm protein-ligand kompleksleri için 50 ns moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Simülasyonların son 30 ns'si MM/GBS analizi için kullanılmıştır. 36 mutasyondan, en iyi 5 tanesi daha ileri deneysel çalışmalar için seçilmiştir.