Browsing by Subject "Biyokimya = Biochemistry"
Now showing items 1-4 of 4
-
Central tunnel as an alternative allosteric site in glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase for potential use as species specific drug targets /
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2020)İlaç keşif çalışmalarında en yeni yaklaşımlardan biri proteindeki potansiyel allosterik bölgeler için ilaç tasarımıdır. Bu bölgeler enzimlerin aktif bölgelerini doğrudan hedefleyen inhibitörler yerine aktif bölge üzerine uzaktan bir etki yapabilen inhibitörlerin tasarımına dayanır. Bu yaklaşımın arkasındaki ana sebep, aktif bölgenin, seçici inhibitörlerin tasarımını önleyen enzimin diğer kısımlarından evrimsel olarak daha fazla korunmuş olmasıdır. Bu çalışmada, glikolitik yolakta işlev gören ...
-
Effects of nerve agents on conformational dynamics of acetylcholinesterase / Sı̇nı̇r gazlarının asetı̇lkolı̇nesteraz'ın konformasyonel dı̇namı̇ğı̇ne etkı̇lerı̇
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Merkezi ve periferik sinir sisteminde önemli bir enzim olan insan asetilkolinesterazı (hAChE), kolinerjik sinapslarda asetilkolini (ACh) hidrolize eder. Sinir gazları olarak da adlandırılan organofosforlu pestisitler (OP'ler), hAChE'yi geri döndürülemez şekilde inhibe edebilir ve maruz kalma miktarına ve tedavinin hızına bağlı olarak ciddi hastalık (örneğin felç, bilişsel yetersizlikler ve nöbetler) ve hatta ölümle sonuçlanabilir. Bu nedenle, soman ve sarin gibi OP'ler tarafından ...
-
Investigation of allosteric inhibition effect in pyruvate kinase by constrained molecular dynamics simulation method Piruvat kinazın allosterik olarak inhibe edilmesinin kısıtlanmış moleküler dinamik similasyon methodu kullanılarak incelenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Önceki çalışmalarda, araştırma grubumuz farklı organizmalarda bulunan glikolitik enzimlerdeki türe özgü allosterik bölgeleri tanımladı ve bu bölgelerdeki kalıntılarla güçlü bir şekilde etkileşime giren aday inhibitör molekülleri belirledi. Bu çalışmada ise, glikolitik enzimlerden biri olan bakteriyel piruvat kinaz enzimi (S.aureus PK) üzerinde bir Moleküler Dinamik simülasyon çalışması gerçekleştirildi ve önerilen allosterik bölgede seçilen kalıntı çiftleri arasındaki bağlar kısıtlanarak bir ilaç ...
-
Investigation of species-specific allosteric binding sites in glycolytic enzymes via AlloSigMA and molecular dynamics simulations / Glikolitik enzimlerde türe özgü allosterik bağlanma bölgelerinin AlloSigMA aracı ve moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Araştırma grubumuzun önceki çalışmalarında, türe özgü ilaç tasarım çalışmalarında hedef ilaç bölgesi olarak kullanılması amacıyla bakteri, parazit ve insan türlerine ait glikolitik yolaktaki temel enzimler olan fosfofruktokinaz (PFK), gliseraldehit 3-fosfat dehidrogenaz (GADPH) ve pürivat kinaz (PK) enzimleri için allosterik bölgeler önerilmiştir. Bu tezde, AlloSigMA aracı ve MD simülasyonları gibi çeşitli araçlarla daha detaylı araştırıldılar. Önerilen allosterik bölgelere ek olarak, S. aureus ...
