Biyoinformatik ve Genetik / Bioinformatics and Genetics
Recent Submissions
-
Enhanced structural, optical and antibacterial properties of ZnO doped TiO2 composites / ZnO katkılı TiO2 kompozitlerin geliştirilmiş optik, yapısal ve antibakteriyel özellikleri
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Günlük yaşamda bakteriyel enfeksiyonlar insan sağlığı için yaygın bir sorundur. Bu nedenle araştırmacılar, antibakteriyel enfeksiyonları ve çevresel kirleticileri önlemek için değerli materyaller arıyorlar. İnce film, fotokatalitik ve biyolojik aktivite için iyi bilinen bir uygulamadır. Bu nedenle, ince film oluşumu, nano boyutlu kalınlığı ve geliştirilmiş tek katmanlı veya çok katmanlı yapısı nedeniyle bu sorunların üstesinden gelmek için mükemmel bir yoldur. İnce film üretimi için en yaygın ...
-
Investigation of allosteric inhibition effect in pyruvate kinase by constrained molecular dynamics simulation method Piruvat kinazın allosterik olarak inhibe edilmesinin kısıtlanmış moleküler dinamik similasyon methodu kullanılarak incelenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Önceki çalışmalarda, araştırma grubumuz farklı organizmalarda bulunan glikolitik enzimlerdeki türe özgü allosterik bölgeleri tanımladı ve bu bölgelerdeki kalıntılarla güçlü bir şekilde etkileşime giren aday inhibitör molekülleri belirledi. Bu çalışmada ise, glikolitik enzimlerden biri olan bakteriyel piruvat kinaz enzimi (S.aureus PK) üzerinde bir Moleküler Dinamik simülasyon çalışması gerçekleştirildi ve önerilen allosterik bölgede seçilen kalıntı çiftleri arasındaki bağlar kısıtlanarak bir ilaç ...
-
In silico designing of isoform-selective inhibitors against class IIA histone deacetylases / Sınıf IIA hıston deasetilazlarına karşı ısoform seçici inhibitörlerin in siliko tasarımı
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Yüksek regüle edilmiş histon deasetilazların (HDAC), HDAC inhibitörleriyle (HDACi) etkisiyle etkili bir şekilde azaltıldığı gösterilmiştir. Bununla birlikte, sitotoksisitenin, klinik kullanımda olan veya klinik araştırmaların farklı safhalarında bulunan mevcut çeşitli HDAC inhibitörlerinin seçimli olmaması nedeniyle normal hücrelerde de olduğu görülmüştür. Seçimli HDAC izoform inhibitörlerinin geliştirilmesiyle birlikte gölenen buy an etkilerin de önleneceğine inanılmaktadır. Bu çalışmanın temel ...
-
Design of novel and potent inhibitors for mPGES-1 enzyme via in silico screening / Siliko tarama yoluyla mPGES-1 enzimi için yeni ve güçlü inhibitörlerin tasarımı
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Vücutta oluşan enflamasyonu engellemek için steroid olmayan antienflamatuar ilaçlar her iki COX-1 ve COX-2 enzimlerinin seçici olmayan inhibisyonunun bir sonucu olarak PGE2 üretimini baskılayarak etki eder. COX-1 ve COX-2 'nin inhibisyonu sonucu sırasıyla gastrointestinal zehirlenmeler ve kardiyovasküler komplikasyonlar ortaya çıkmıştır. mPGES-1 inhibitörlerinin bilinen yan etkileri taşımadığı gösterilmiştir. Böylece, mPGES-1 inhibisyonu ile PGE2 biyosentezinin engellenmesi enflamatuvar hastalıkların ...
-
Designing of selective and potent inhibitors against histone deacetylase enzymes (HDAC6 VE HDAC10) via in silico screening and molecular modeling techniques for the treatment of cancer / Kanser tedavisi için siliko tarama ve moleküler modelleme teknikleri ile histon deacetilaz enzimlerine (HDAC6 VE HDAC10) karşı seçici ve etkili inhibitörlerin tasarlanması
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)HDAC'lar, histon proteininden asetil gruplarını kopartarak, kromatin yoğunlaşmasını indükleyerek kanser gelişimi sürecinde tümör baskılayıcı genlerin ekspresyonunu düzenlemede rol alan enzim sınıfıdır. HDAC enzimleri, ilgili maya ortologlarına karşı gelen homolojilerine göre dört sınıfa ayrılmıştır. Sınıf I, II ve IV HDAC'ler aktif bölgelerinde kofaktör olarak çinko içerirken, sınıf III HDAC'lar sirtuinler olarak bilinen kofaktör olarak da NAD+ bulunduran enzimlerdir. Yapılan çalışmalardan Sınıf ...
-
Identifying the working principles of human DNA methyltransferase 3A enzyme by computational methods / İnsan DNA metiltransferaz enziminin çalışma mekanizmasının hesaplamalı yöntemlerle belirlenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)DNA metilasyonu, metilasyon deseninin sürdürülmesi ve oluşturulmasından sorumlu epigenetik mekanizmalardan biridir. DNA metiltransferaz 3 (DNMT3) enzim ailesi DNA'nın sıfırdan metilasyonunu düzenler bu nedenle de novo metiltransferazlar olarak adlandırılır. İki üyesi, DNMT3A ve DNMT3B, DNA ve S-Adenosilmetiyonin (SAM) arasındaki reaksiyonu katalize eder. Diğer üyesi olan DNMT3L ise DNA ile doğrudan etkileşime girmese de, DNMT3A ve DNMT3B'ye bağlanarak reaksiyonu allosterik olarak hızlandırır. Ek ...
-
Investigation of species-specific allosteric binding sites in glycolytic enzymes via AlloSigMA and molecular dynamics simulations / Glikolitik enzimlerde türe özgü allosterik bağlanma bölgelerinin AlloSigMA aracı ve moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2021)Araştırma grubumuzun önceki çalışmalarında, türe özgü ilaç tasarım çalışmalarında hedef ilaç bölgesi olarak kullanılması amacıyla bakteri, parazit ve insan türlerine ait glikolitik yolaktaki temel enzimler olan fosfofruktokinaz (PFK), gliseraldehit 3-fosfat dehidrogenaz (GADPH) ve pürivat kinaz (PK) enzimleri için allosterik bölgeler önerilmiştir. Bu tezde, AlloSigMA aracı ve MD simülasyonları gibi çeşitli araçlarla daha detaylı araştırıldılar. Önerilen allosterik bölgelere ek olarak, S. aureus ...
-
In silico screening of potential peroxisome proliferator-activated receptors (Alpha-gamma) ppars α/γ for the treatment of human diabetic mellitus (DM) / Potansiyel peroksısom prolıferatörü aktif alıcıların (Alpha-gamma) ppars α / γ insan dıabetik mellitlerinin (DM) tedavisi için siliko ekranında
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2020)Diyabetes mellitus (DM), şekerler, lipitler ve protein üzerindeki metabolik rahatsızlıklara katkıda bulunabilen hiperglisemi, obezite, hipertansiyon ile tanımlanan bir metabolik hastalık anlamına gelir. PPARa ve PPARy, glikoz, lipitler ve kolesterol sindirimini yönetmedeki önemli işleri nedeniyle yaygın olarak incelenen Peroksizom proliferatör ile aktive edilen Nükleer reseptörün (PPAR) alt tiplerini ifade eder. Azalan serum trigliserit seviyelerinin PPARa agonistlerinin (fibratlar) PPARa ...
-
In silico screening of potent histon demethylase1 (lsd1) enzyme inhibitor / In silico taramayla güçlü potansiyel histone demethylase 1 (lsd1) inhibitörlerinin bulunması
Authors:
Publisher and Date:(Kadir Has Üniversitesi, 2020)Histon lisinspesifik demetilaz (LSD1) histon demetilasyon düzenleyen ana enzimlerden biridir, farklı epigenetik süreçleri düzenler örneğin DNA çoğaltma ve transkript ve gen susturma. Ayrıca, son çalışmalarda birçok hastalığın gelişmesinde LSD1 doğrudan ama belirsiz bir bağlantı yapmış, viral enfeksiyonlar, nörodejeneratif hastalıklar ve en yaygında kanser. LSD1 enziminin seviyesi yüksek ekspresyonu gözlemlenen kanser türleri (AML), meme kanseri, akciğer kanseri ve prostat kanseri. bu gözlemler ...
-
Surfactant-free one-step fabrication of gelatin/PAAm/MWCNT composites for biomedical applications
Authors:
Publisher and Date:(Springer, 2021)Well-dispersed multiwalled carbon nanotube (MWCNT) and gelatin-enhanced polyacrylamide (PAAm) composites were synthesized via a free-radical copolymerization method. MWCNTs were added to the composite mixture in various amounts (0.5 mg, 1.0 mg, 1.5 mg, and 2.0 mg) during the nucleation process in order to increase the conductivity. Gelatin/PAAm/MWCNT composites containing different amounts of MWCNTs were then characterized using the ultraviolet-visible (UV-vis) spectroscopic technique to illuminate ...
-
Conductivity Percolation of Carbon Nanotubes in Polyacrylamide Gels
Authors:
Publisher and Date:(Intech Europe, 2011)
-
Sorption and Desorption of PVA-Pyrene Chains in and out of Agarose Gel
Authors:
Publisher and Date:(Springer/Plenum Publishers, 2012)In situ steady-state fluorescence (SSF) measurement technique was applied to investigation of pyrene labeled Poly(vinyl alcohol) (PVA-Py) molecules diffusion in and out of agarose gels. Gel samples with four different concentration of agarose were prepared. PVA-Py was synthesized by "click" chemistry method and dissolved in water to use in diffusion experiments. The results were analyzed by using Fickian type diffusion model, and it was found that sorption and desorption processes of PVA-Py molecules ...
-
GELATION MECHANISMS
Authors:
Publisher and Date:(World Scientific Publ Co Pte Ltd, 2012)In this paper, we survey the gelation mechanisms for various polymeric systems which are classified by the type and the strength of the cross-linkages. These are the "irreversible" gels that are cross-linked chemically by covalent bonds and the "reversible" gels that are cross-linked physically by hydrogen or ionic bonds and by the physical entanglement of polymer chains. Some of the natural polymer gels fall into the class of physical gels, among which the red algae that has attracted attention ...
-
Evaluation of the fractal dimension of polyacrylamide during gelation and swelling
Authors:
Publisher and Date:(Elsevier, 2021)
-
A mathematical characterization of the gel point in sol-gel transition
Authors:
Publisher and Date:(IOP Publishing Ltd, 2015)We model the sol-gel transition in terms of Susceptible-Infected-Removed (SIR) and Susceptible-Exposed-Infected-Removed (SEIR) models and compare with experimental results. We show, numerically, that the "gel point" described as the onset of the gelation phenomena and measured experimentally, corresponds to an accumulation point of the extreme values of the derivatives of the gelation curve. We define the "critical point of a sigmoidal curve" as the limit of the points where the derivatives reach ...
-
Effect of temperature and graphene oxide on the swelling of PAAm-GO composite gels
Authors:
Publisher and Date:(Avestia Publishing, 2019)Graphene oxide (GO) is a two dimensional carbon material with similar one-atom thickness, and is a light material having extremely high strength and thermal stability [1]. Thus, GO is an efficient filler for the enhancement of the electrical, mechanical and thermal properties of composite materials [2]. We focused on GO as a nanofiller in polyacrylamide hydrogels and PAAm-GO composites to investigate the effect of temperature and graphene oxide on the swelling. Polyacrylamide (PAAm) hydrogels have ...
-
EFFECT OF CONTENT AND TEMPERATURE ON THE PHASE TRANSITIONS OF POLYMER COMPOSITES DOPED BY KAPPA CARRAGEENAN AND ALGINATE
Authors:
Publisher and Date:(Elsevier Academic Press Inc, 2016)
-
The modifier effects of chymotrypsin and trypsin enzymes on fluorescence lifetime distribution of "N-(1-pyrenyl)maleimide-bovine serum albumin" complex
Authors:
Publisher and Date:(Pergamon-Elsevier Science LTD, 2016)Chymotrypsin and trypsin are the well known proteolytic enzymes, both of which are synthesized in the pancreas as their precursors the inactive forms; chymotrypsinogen and trypsinogen and then are released into the duodenum to cut proteins into smaller peptides. In this paper, the effects of activities of chymotrypsin and trypsin enzymes on fluorescence lifetime distributions of the substrat bovine serum albumin (BSA) modified with N-(1-pyrenyl)maleimide (PM) were examined. In the labeling study ...
-
Drug Design for CNS Diseases: Polypharmacological Profiling of Compounds Using Cheminformatic, 3D-QSAR and Virtual Screening Methodologies
Authors:
Publisher and Date:(Frontiers Media Sa, 2016)The diverse cerebral mechanisms implicated in Central Nervous System (CNS) diseases together with the heterogeneous and overlapping nature of phenotypes indicated that multitarget strategies may be appropriate for the improved treatment of complex brain diseases. Understanding how the neurotransmitter systems interact is also important in optimizing therapeutic strategies. Pharmacological intervention on one target will often influence another one, such as the well-established serotonin-dopamine ...
RSS 1.0