Browsing by Author "Kaya, Yusuf"

Now showing 1 - 1 of 1

Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik benzilamin molekülünün moleküler dinamik simülasyon analizi
(Kadir Has Üniversitesi, 2005) Kaya, Yusuf; Toprakçi, Mustafa
1. ÖZET Bu çalışmada benzilamin molekülü Monoamin Oksidaz Tip B enzim içerisinde moleküler dinamik yöntemi ile simüle edildi. Elde edilen veriler yardımı ile, substrata enzime bağlanma dinamiğinin analizi ve bağlanma serbest enerji değişiminin hesaplanması gerçekleştirildi. Simülasyon boyunca elde edilen veriler moleküler mekanik parametreleri kullanılarak hesaplandı. Simülasyon işlemi için substrata hem su içerisinde hem de protein (enzim) içerisinde bağlı olacak şekilde iki ayrı ortam için, koordinat dosyalan oluşturuldu. Simülasyon boyunca substrat ve enzim moleküllerinin atomları arasındaki, etkileşim enerjileri olarak adlandırılan Van der Waals (VDW) ve elektrostatik enerjileri kaydedildi. Bu verilerden lineer etkileşim enerjisi (LIE) modeli kullanılarak substrata bağlanma serbest enerji değişimi elde edildi. Enerji hesaplamalarından substrata enzimin aktif bölgesinde, oldukça olumlu etkileşimlerle yerleştiğim söyleyebiliriz. Bu çalışmada, kullanılan yöntemin uzun süreli simülasyon için davranışı da test edildi. Moleküler dinamik (MD) simülasyonlarda genellikle kütle merkezinin translasyonel hareketi iptal edildiğinden sadece molekül içi hareketler simüle edilebilmektedir. Q MD programının da uzun süreli simulasyonda kütle merkezi hareketi yapmadığı verifiye edildi. Ligandın simülasyon boyunca belirgin bir translasyonel hareketi gözlenmemiştir. Çalışmada ek olarak aktif bölgedeki anahtar rolü oynayan amino asitlerin pKa kayma değerleri ve buradan da protonlarınla durumları saptanmıştır. Protonlanma bilgisi ve buna bağlı atomik parsiyel yük değerleri, bu enzimin aktif bölgesinin ileride daha ayrıntılı MD simülasyonlarmda rahatlıkla kullanılabilir.