Docking study of resveratrol like molecules on histone deacetylase

Abstract

The modulation of histone acetylation plays a pivotal role in the regulation of gene expression by governing the state of lysine residues located on the amino – terminal tails of histone proteins. A dynamic balance of histone acetylation /deacetylation is maintained by histone acetyl transferases(HAT) and histone deacetylases(HDACs) . Due to their fundamental role in gene expression HDAC family have been associated with basic cellular events and disease states such as cell growth differentiation and cancer information. in particular distinct class i and ii are overexpressed in some cancer disease. HDAC inhibitors structurally can be grouped into hydroxamates cyclic peptides aliphatic acids benzamine’s. HDAC inhibitors (HDACi) and histone acetyl transferase activators increase histone acetylation. HDAC8 is a class i HDAC implicated as a therapeutic target for a various disease including disorder cell growth. The structure of this enzyme reaveled unique features as its conformational flexibility. The architecture of the catalytic site and the channel rim of HDAC8 adapt to accommodate various ligands according to their size shape and chemical properties. Ýn this study the native TSA ligand of HDAC8 (code 1T64) re docked to observe the inhibition constant (Ki) with different parameter such as rotatable bonds and X Y Z coordinates. From this approach starting de nova design from resveratrol compound that is suggested to play a role in the preventation of some disease such as inhibition of tumour initiation. The resveratrol scaffold was used to create 100 hundred analogues by substituting chemical groups to observe the changes in the binding energy and inhibition constant by molecular docking using Autodock4.2. These 100 analogues were evaluated in terms of the inhibition constant (Ki) and 20 of them selected due to their lowest inhibition constant (Ki) and binding energy. The fact that HDAC8 is a promising target for cancer therapy these molecules can be potential anticancer agents if additional laboratory assays are carried out to ascertain their inhibitory effects.

histon asetilasyonu modülasyonu genin düzenlenmesinde çok önemli bir rol oynar amino bulunan lizin kalıntılarının durumunu düzenleyen tarafından ifadesi - terminal kuyrukları histon proteinleri. histon asetilasyonu / deasetilasyonu bir dinamik denge tarafından yapılmaktadır histon asetil transferaz (HAT) ve histon deasetilazlar (HDAC). Nedeniyle onların gen ekspresyonunda asıl olarak, HDAC ailesi temel hücresel ilişkilendirilmiştir Olaylar ve hücre büyümesi, farklılaşması ve kanser bilgileri gibi hastalık durumları. İçinde Özellikle, farklı sınıf I ve II, bazı kanser hastalığında aşırı edilir. HDAC inhibitörleri, yapısal hidroksamatlar, halkalı peptidler, alifatik asitler, benzamin en gruba ayrılabilir. HDAC inhibitörleri (HDACi) ve histon asetil transferaz aktivatörleri histon geliştirmek asetilasyonu. HDAC8 bir değişik hastalık için bir tedavi hedefi olarak karıştığı bir sınıf I HDAC olduğunu bozukluğu, hücre büyümesini içeren. Bu enzimin yapısının gibi benzersiz özellikler reaveled onun yapısal esneklik. katalitik sitenin mimarisi ve kanal jant arasında HDAC8, ebatları, şekilleri ve kimyasal göre çeşitli ligandları karşılamak için adapte özellikleri. Bu çalışmada, demirledi yeniden HDAC8 (kod 1T64) yerli TSA ligandı, gözlemlemek Bu tür döner tahvil ve X, Y, Z, farklı parametre ile inhibisyon sabiti (Ki) koordine eder. Bu yaklaşımdan, resveratrol bileşik nova tasarım de başlayan, yani Bu tümör inhibisyonu gibi hastalıkların korunma yolları ile bir rol oynadığı düşünülmektedir inisiyasyon. resveratrol iskele yerine göre 100 yüz analogları oluşturmak için kullanılan kimyasal gruplar bağlanma enerjisi ve sürekli inhibe ederek değişiklikleri gözlemlemek için Autodock4.2 kullanılarak moleküler yerleştirme. Bunlar 100 analoglarının açısından değerlendirildi inhibisyon sabiti (Ki) ile bağlı en düşük inhibisyon sabiti seçilen 20'si (Ki), ve bağlanma enerjisi. HDAC8 kanser tedavisi için umut verici bir hedef, şu olduğu gerçeği ek laboratuar deneyleri yürütülmektedir eğer moleküllerin potansiyel antikanser ajanlar olabilir engelleyici etkilerini tespit etmek.