Lisansüstü Eğitim Enstitüsü

Permanent URI for this communityhttps://gcris.khas.edu.tr/handle/20.500.12469/77

Browse

Now showing 1 - 4 of 4

Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik benzilamin molekülünün moleküler dinamik simülasyon analizi
(Kadir Has Üniversitesi, 2005) Kaya, Yusuf; Toprakçi, Mustafa
1. ÖZET Bu çalışmada benzilamin molekülü Monoamin Oksidaz Tip B enzim içerisinde moleküler dinamik yöntemi ile simüle edildi. Elde edilen veriler yardımı ile, substrata enzime bağlanma dinamiğinin analizi ve bağlanma serbest enerji değişiminin hesaplanması gerçekleştirildi. Simülasyon boyunca elde edilen veriler moleküler mekanik parametreleri kullanılarak hesaplandı. Simülasyon işlemi için substrata hem su içerisinde hem de protein (enzim) içerisinde bağlı olacak şekilde iki ayrı ortam için, koordinat dosyalan oluşturuldu. Simülasyon boyunca substrat ve enzim moleküllerinin atomları arasındaki, etkileşim enerjileri olarak adlandırılan Van der Waals (VDW) ve elektrostatik enerjileri kaydedildi. Bu verilerden lineer etkileşim enerjisi (LIE) modeli kullanılarak substrata bağlanma serbest enerji değişimi elde edildi. Enerji hesaplamalarından substrata enzimin aktif bölgesinde, oldukça olumlu etkileşimlerle yerleştiğim söyleyebiliriz. Bu çalışmada, kullanılan yöntemin uzun süreli simülasyon için davranışı da test edildi. Moleküler dinamik (MD) simülasyonlarda genellikle kütle merkezinin translasyonel hareketi iptal edildiğinden sadece molekül içi hareketler simüle edilebilmektedir. Q MD programının da uzun süreli simulasyonda kütle merkezi hareketi yapmadığı verifiye edildi. Ligandın simülasyon boyunca belirgin bir translasyonel hareketi gözlenmemiştir. Çalışmada ek olarak aktif bölgedeki anahtar rolü oynayan amino asitlerin pKa kayma değerleri ve buradan da protonlarınla durumları saptanmıştır. Protonlanma bilgisi ve buna bağlı atomik parsiyel yük değerleri, bu enzimin aktif bölgesinin ileride daha ayrıntılı MD simülasyonlarmda rahatlıkla kullanılabilir.
Monoamin oksidaz tip B enzimine yönelik ilaç moleküllerinin moleküler dinamik simulasyon analizleri
(Kadir Has Üniversitesi, 2004) Tülü, Murat; Toprakçı, Mustafa
İlaç moleküllerini bağlı bulundukları enzim içerisinde simüle edip elde edilen veriler yardımıyla inhibitor ile enzimin bağlanma dinamiğinin analizi ve serbest enerjilerinin hesaplanması, çalışmamızın temelini oluşturmaktadır. Simülasyon boyunca elde edilen veriler moleküler mekanik parametreler kullanılarak hesaplanmıştır. Simülasyon için her bir model ilaç bileşiği hem su içerisinde, hemde protein (enzim) içerisinde olacak şekilde, iki ayrı ortamda, koordinat dosyaları oluşturuldu. Simülasyon boyunca ilaç ve enzim moleküllerinin atomları arasındaki, etkileşim enerjileri olarak da adlandırılan Van Der Waals (VDW) ve elektrostatik enerjiler kaydedildi. Elde edilen enerji verilerinden lineer etkileşim modeli (LIE) kullanılarak, her bir ilacın inhibisyon katsayısı elde edildi. İlaç molekülünün, protein içindeki enerji ile sudaki enerji farkı, ilacın bağlanma serbest enerjisini vermektedir. Bu çalışmada monoamin oksidaz enziminin, parjilin ve selejilin ilaçlan ile olan etkileşiminin enerjetik hesaplamaları yapılmıştır. Elde edilen veriler selejilin molekülünün parjiline göre daha kuvvetli bağlandığını göstermektedir. Selejilin ve parjilinin bağlanma serbest enerjileri deneysel yöntemler ile yapılan çalışmalarla uyuşmaktadır. Simülasyon sırasında moleküler sisteme dışarıdan su molekülleri eklenmiştir. İlaç moleküllerinin atomlarının parsiyel yük hesaplamaları, yarı ampirik (semi-empirical) yöntem, AMMP programının MOM yöntemi (method of moments) kullanılarak yapılmıştır (1 ).
Reaktif oksijen türevlerinin etkilediği hücre içi sinyal ileti proteinlerinin western blot yöntimi ile saptanması
(Kadir Has Üniversitesi, 2005) Aritürk, Sinem; Altiok, Nedret
1. ÖZET Hücre büyümesinin durması, çevresel stress faktörlerine karşı hücrenin genomik stabilite ve bütünlüğünü sağlamak açısından çok önemlidir. Astrositik özellikteki transforme bir hücre soyu olan C6 glioma hücrelerini kullanarak bir reaktif oksijen türevi olan hidrojen peroksit (H202)'in hücre içi sinyal ileti proteinleri olan MAPK'lara olan etkilerini araştırdık. H202, birer MAPK olan ERK1/ERK2 ve JNK1/JNK2 proteinlerini farklı şekilde etkiledi. Hücrelere H202 uygulaması sonucu ERK1/ERK2 serin/treonin uçlarmdan fosforile olarak aktive olurken, JNK1/JNK2 'nin fosforilasyonunda bir değişiklik olmadı. Diğer yandan, bir protein tirozin fosfataz inhibitörü olan vanadat'm H202'in ERK1/ERK2 ve JNK1/JNK2 üzerine olan etkisini değiştirip değiştirmediğini araştırdık. Vanadat, fosforile olmuş proteinlerin fosfatazlar tarafindan defosforile olmasım engelleyerek etkilerini arttırır. Hücrelere vanadat uygulaması, ERK1/ERK2 ve JNK1/JNK2 proteMerinin H202 tarafindan fosforilasyonunu potansiyalize etti. Vanadat'm ERK1/ERK2 üzerine olan güçlendirici etkisi daha belirgin ve spesifik iken, vanadat, JNK1/JNK2 ve ilgili diğer proteinlerin de fosforilasyonunu arttırdı. Sonuç olarak, bu bulgular, H202 ile yaratılan hücre içi oksidatif stresin C6 glioma hücrelerinde MAPK'lan farklı şekilde regüle ettiğini göstermiştir. ERKİ /ERK2 'nin H202 tarafindan ve JNK1/JNK2 'in vanadat tarafindan aktive olması, hipoksinin, tumor anjiogenezi, maügn prognoz ve uzak metastaz ile sonuçlanan olayları başlatabilen pek çok gen ekspresyonuna yol açabileceğinin kamtlarmdan birisidir.
Sefalotin molekülünün DD-transpeptidaz enzimine bağlanmasında serbest enerjinin moleküler dinamik simülasyon ile hesaplanması
(Kadir Has Üniversitesi, 2005) Bala, Deniz; Toprakçi, Mustafa
1. Özet Günümüzde antibiyotik kullanımı oldukça yaygındır. Sefalosporin gurubu ise antibiyotik çeşitleri arasında büyük bir yer tutmaktadır. Sefalosporin gurubu antibiyotikler bakteri hücre duvarındaki transpeptidaz enzimine bağlanarak enzimi inaktive etmektedirler. Transpeptidaz enzimi bakteri hücre duvarının (peptidoglikan) oluşumu esnasında pentapeptidin 4ncü rezidüsü olan D-Ala (D-Alanil) molekülü ile D- Alanin köprüsünün çapraz bağlanmasını (cross-linking) katalizlemektedir, bu sırada terminal Alanin' in hidrolizi ile kopması gereken enerjiyi sağlamaktadır. Bakteri hücre duvarının oluşumundaki bu reaksiyon aşamasına transpeptidasyon aşaması denilmektedir. Transpeptidaz enziminin Sefalosporin gurubu bir antibiyotik ile inhibisyonu sonucunda transpeptidasyon aşamasında çapraz bağlanma olayı gerçekleşmemekte ve böylece bakteri hücre duvarı oluşumu tamamlanamamaktadır. Bu çalışmada Streptomyces R61 susundan elde edilen transpeptidaz enziminin sefalotin ilaç molekülü ile bağlanma anında ortaya çıkan serbest enerjinin (AĞ) moleküler dinamik simülasyon ile hesaplaması yapılmıştır. 1

Browse

Browsing Lisansüstü Eğitim Enstitüsü by Department "Enstitüler, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyokimya Ana Bilim Dalı"